Từ năm 1961, GS.TS Trần Văn Khê và cố nhạc sĩ Nguyễn Hữu Ba đã bắt đầu nghiên cứu về Nhã nhạc Cung đình Huế. Hai người đi tìm và mời các nghệ nhân, nhạc công cung đình còn sống để ghi âm, ghi hình và làm bộ đĩa về Nhã nhạc Cung đình, Ca Huế - công trình dành 2 giải thưởng lớn của Đức và Pháp. Ngay từ đầu, GS-TS Trần Văn Khê đã tích cực vận động UNESCO nhìn nhận âm nhạc cung đình Huế. Theo ông, để trở thành một di sản phi vật thể của nhân loại, ngoài giá trị lịch sử và nghệ thuật, kiệt tác còn cần được Nhà nước sở tại chứng minh đã có nhiều nỗ lực bảo tồn, phát huy và cần chuẩn bị cho được một hồ sơ giải trình hoàn chỉnh đòi hỏi nhiều nỗ lực.

GS.TS Trần Văn Khê nói chuyện về âm nhạc truyền thống tại nhà hát Duyệt Thị Đường
 
Tháng 3/1994, UNESCO tổ chức Hội nghị quốc tế các chuyên gia về di sản văn hóa phi vật thể vùng Thừa Thiên Huế tại Huế. Trong một cuộc họp tiểu ban, GS.TS Trần Văn Khê cùng các giáo sư Việt Nam là Trần Quốc Vượng, Tô Ngọc Thanh, các giáo sư Nhật Bản là Tokumaru và Yamaguti, GS. Philippines Jose Marceda, đệ trình UNESCO và Chính phủ Việt Nam về một chương trình quốc gia khôi phục và nghiên cứu Nhã Nhạc cung đình Huế. Sau đó, Trung tâm Bảo tồn Di tích Cố đô (BTDTCĐ) Huế đã được giao lập Hồ sơ Ứng cử Quốc gia Nhã nhạc – Nhạc Cung đình Việt Nam, đệ trình UNESCO đề nghị công nhận là Kiệt tác Di sản Phi Vật thể và Truyền khẩu của Nhân Loại (năm 2002).
Trong thời gian lập hồ sơ, mặc dù tuổi đã cao, sức khỏe không còn tốt, nhưng GS.TS Trần Văn Khê vẫn lặn lội về Việt Nam để cùng các thành viên nhóm lập Hồ sơ xem xét điều chỉnh nội dung, bổ sung các tư liệu cần thiết kịp thời theo yêu cầu của UNESCO, góp phần cho sự thành công của hồ sơ để tháng 11/2003, Nhã nhạc – Nhạc Cung đình Việt Nam được UNESCO vinh danh là Kiệt tác Di sản Văn hóa Phi vật thể và Truyền khẩu của Nhân loại.
Sau khi Nhã nhạc được UNESCO công nhận, với tâm huyết và kinh nghiệm trong lĩnh vực bảo tồn gìn giữ âm nhạc dân tộc, GS.TS Trần Văn Khê lại tiếp tục cùng Thừa Thiên Huế biên soạn Kế hoạch Hành động Quốc gia bảo tồn và phát huy giá trị Nhã nhạc đề nghị UNESCO tài trợ. Dự án trên được UNESCO chấp thuận tài trợ với tổng kinh phí 154.900 USD, thực hiện trong giai đoạn 2005-2009. GS.TS Trần Văn Khê được mời tham gia dự án với tư cách là cố vấn danh dự và trực tiếp thực hiện các bài giảng, giới thiệu Nhã nhạc trong các hoạt động của dự án. Trung tâm BTDTCĐ Huế đã mời Giáo sư cùng các nghệ nhân Nhã nhạc thực hiện 6 đợt tập huấn cho 180 lượt nhạc công trẻ của Nhà hát Nghệ thuật Truyền thống Cung đình Huế; 6 buổi nói chuyện dành cho sinh viên, học sinh các cấp ở TP. Huế. GS.TS Trần Văn Khê cũng đã phối hợp với Trung tâm BTDTCĐ Huế thực hiện đĩa giới thiệu chọn lọc một số tiết mục biểu diễn Nhã nhạc và Múa Cung đình với lời giới thiệu do đích thân GS thể hiện. GS.TS Trần Văn Khê còn tặng Trung tâm các tư liệu quý liên quan đến Nhã nhạc do chính GS sưu tầm trước đó, gồm: một số tư liệu viết, tư liệu nghe nhìn để lưu trữ và nhân bản phục vụ cho công tác nghiên cứu và trưng bày giới thiệu quảng bá.
GS.TS Trần Văn Khê từ trần lúc 2 giờ 55 sáng ngày 24/6, tại TP. Hồ Chí Minh, hưởng thọ 94 tuổi. Từ nhỏ ông đã tỏ ra là người có cảm nhận đặc biệt về âm nhạc. Lên 6 tuổi biết đàn kìm (đàn nguyệt), 8 tuổi biết đàn cò (đàn nhị) và 12 tuổi biết đàn tranh, đánh trống nhạc...
Trong khuôn khổ các hoạt động quảng bá về Nhã nhạc của dự án này, Giáo sư đã cùng đoàn nghệ sĩ của Trung tâm đi lưu diễn ở Pháp, Ý và Nhật Bản. Các chương trình biểu diễn, với phần giới thiệu do đích thân GS.TS Trần Văn Khê trình bày đã gây được sự quan tâm sâu rộng và tạo tiếng vang lớn đối với công chúng yêu âm nhạc ở các nước này. Giới thiệu, diễn giải về âm nhạc truyền thống Việt Nam, có thể có nhiều người giới thiệu rất hay và minh họa rất hấp dẫn, nhưng để giúp công chúng hiểu một cách dễ dàng nhất về âm nhạc truyền thống và Nhã nhạc, tạo sự phấn khích, đam mê tìm hiểu thì chỉ duy nhất có Giáo sư Trần Văn Khê. Trong các buổi giới thiệu Nhã nhạc, với cách diễn đạt tuyệt vời, dí dỏm lại rất uyên bác, cùng với khả năng chơi được nhiều loại nhạc cụ truyền thống khác nhau để minh họa, lại có thể diễn đạt trực tiếp bằng tiếng Anh và tiếng Pháp, GS.TS Trần Văn Khê đã thực sự thổi bùng lên ngọn lửa yêu thương âm nhạc dân tộc trong công chúng.
Là đơn vị trực tiếp quản lý, bảo tồn và phát huy giá trị Nhã nhạc – Âm nhạc Cung đình Việt Nam, đồng thời cũng là đơn vị sát cánh cùng GS.TS Trần Văn Khê trong hành trình bảo vệ gìn giữ giá trị âm nhạc truyền thống Việt Nam nhiều năm qua, chúng tôi xin bày tỏ sự tri ân và lòng thương tiếc vô hạn đối với GS.TS Trần Văn Khê - Người đã dùng cả cuộc đời để thắp ngọn lửa yêu thương âm nhạc dân tộc với nhiều thế hệ và là người góp công lớn trong việc nghiên cứu, giảng dạy, truyền bá, để bảo tồn và phát huy giá trị của Nhã nhạc.